Mokyklų pedagoginė psichologinė tarnyba buvo įsteigta 1997 metų balandžio 1 dieną. Jos direktore paskirta Jolanta Navickienė. Tarnybai buvo suteiktos patalpos Debreceno g. 41 pastato pirmame aukšte. Tai buvo 4 kabinetai (tarp jų ir direktorės) ir vienas bendras kambarys, kuriame taip pat dirbo sekretorė.
2004 metais tarnyba persikėlė į to paties pastato antrąjį aukštą ir kiek pakeitė savo pavadinimą. Nuo tada ji vadinasi "Klaipėdos pedagoginė psichologinė tarnyba".
2008 metais gavus ES struktūrinių fondų finansavimą buvo suremontuota laiptinė ir įrengtas keltuvas neįgaliesiems.
2012–2013 metais gavus ES struktūrinių fordų finansavimą buvo rekonstruotas antrasis aukštas, apšiltintas pastatas ir stogas.
Nuo 2014 metų gruodžio mėn. tarnybos direktore dirba Ulijana Petraitienė.